中华人民共和国成立前，各种病虫害只能采用土法防治。中华人民共和国成立后，各级党委、人民政府和农业主管部门加强对农保工作领导，采取各种措施，大部分病虫害得以控制，有的已找出滋生、蔓延的原因和规律，从而提前加以预防和消灭。

一、病虫害

扎赉特旗境内农作物病害主要有小麦黑穗病，玉米黑粉病、大小斑病，高粱黑穗病，谷子白发病、黑穗病，向日葵菌病。虫害有蝼蛄、金针虫、地老虎、粘虫、土蝗、草地螟、蚜虫、大豆食心虫、夜盗虫等。

二、病虫害防治

50年代主要防治方法是采用炕洞土拌种、人工捕杀进行防治。60年代采取药剂拌种防治，主要是拌种霜、拌种灵、托布津、氯硝铵，用以防治谷类作物的黑穗病、白发病和菌核病等。60年代后，随着科学技术的不断发展，各种杀虫剂大量使用。主要杀虫剂有杀虫灭菌脂（又称速灭杀丁），防治蔬菜、果树、粮食作物和经济作物等多种虫害；戊酸醚酷，用以杀灭地老虎、食心虫、玉米螟、草地螟等。还有敌百虫、敌敌畏、乐果、氧乐果、百治屠、稻丰散农药等。

三、杂草防除

全旗农田杂草繁多，对这些杂草历来采用水田水泡手拨、旱田铲趟清除，但用工多、劳动强度大、效果低。1980年起试用敌稗乳剂、杀草丹2—4滴、除草醚等化学药剂防除农田杂草。稻田可除70—90％的杂草、大田可除80—95％。

化学药剂除草尚处于试验阶段，大面积除草仍以人工为主。